La municipalité de Napierville tient son nom d'un militaire anglais né en 1758: Napier Christie Burton (1758-1835). Ce dernier avait hérité de Seigneuries dans le Haut-Richelieu à la mort de son père, Gabriel Christie, en 1799. Napier Christie épousa Mary Emma Burton à Londres en 1784. Suite à cette union, il prendra le nom de Napier Christie Burton.
En 1800-1801, Napier Christie Burton s'occupe lui-même de sa seigneurie. Cependant, au cours de l'année 1801, il doit retourner en Angleterre suite au décès de son épouse. Avant son départ, il nomme Samuel Potts comme agent temporaire. Il remplacera en 1815 Samuel Potts par un notaire de Laprairie, Edme Henry qui sera le gestionnaire des seigneuries Christie pendant vingt ans.
Ce Monsieur Henry décide en 1815, de créer trois villages seigneuriaux soit: Napierville, le nom de Napierville provient du prénom du seigneur NAPIER auquel on a ajouté le suffixe -ville. Christieville (aujourd'hui Iberville) et Henryville.
En 1822, Edme Henry fait don d'un terrain à Napierville pour la construction d'une église catholique. La paroisse de St-Cyprien dans la Seigneurie de Lery prend forme le 1er janvier 1823. Pendant la construction de la chapelle-presbytère de 1823 à 1825 tous les baptêmes, mariages et sépultures des gens de St-Cyprien se font à l'Acadie de même que les messes dominicales. Après la construction de la première église qui s'échelonna de 1844 à 1847, la chapelle-presbytère est devenu le couvent des Sœurs de Sainte-Anne de 1857 à 1886. À cette date un incendie détruisit l'église et le feu se propagea au couvent. L'église actuelle sera reconstruite de 1887 à 1889. Pendant cette période les offices religieux sont célébrés à la chapelle des Frères de Sainte-Croix, dans l'école modèle au village de Napierville située sur le site actuel de l'école Daigneau.
Au cours des 175 années qui ont suivi la création de la paroisse douze curés et plus d'une cinquantaine de vicaires ainsi que les sœurs de Sainte-Anne ont animés la vie paroissiale et la mémoire de certains y est encore vivante. À titre d'exemple l'école Daigneau porte le nom du curé Henri-Joseph-Alexandre Daigneau curé de Napierville de 1912 à 1945.
Il est important de mentionner qu'en 200 ans d'histoire les noms St-Cyprien et Napierville ont coexistés, ont été confondus et ont longtemps été complémentaires. Il existe une seule paroisse religieuse tout comme il y a eu une seule commission scolaire, mais deux municipalités qui se partagent le territoire depuis plus d'un siècle. Encore aujourd'hui la vie communautaire des deux municipalités est étroitement liée.
En juillet 1837, une assemblée des Patriotes du comté de L'Acadie a lieu à Napierville. Ils adoptèrent 19 résolutions demandant des réformes dans l'administration gouvernementale.
Une semaine plus tard, toujours à Napierville, se tient une assemblée des Loyaux ou Loyalistes. Ces derniers sont des volontaires, prêts à prendre les armes contre les Patriotes.
En février de l'année suivante, les autorités gouvernementales envoient 300 hommes à Napierville pour empêcher la tenue d'assemblées patriotiques.
Les Patriotes ne cessent de s'organiser et de recruter de nouveaux membres. Le 4 novembre 1838, le chef du mouvement patriote, le docteur Robert Nelson, arrive à Napierville. Cette même journée, il procède à la proclamation de l'établissement provisoire de la république du Bas-Canada.
Dans les jours qui suivent les Patriotes doivent faire face aux Loyalistes plus nombreux et plus armés. Pendant ce temps, John Colborne, gouverneur général du Canada, prend les dispositions pour réprimer l'insurrection en expédiant un premier contingent de troupe régulière. D'autres corps d'armée se joignent à cette armée qui forme 6000 à 7000 hommes.
Le 10 novembre 1838 Colborne et ses troupes arrivent à Napierville et c'est le début de la répression. Dans les semaines qui suivent, les volontaires et les miliciens en provenance du Haut-Canada ratissent Napierville, Saint-Cyprien et les paroisses environnantes afin d'y capturer les Patriotes. Ces troupes se livrent alors au pillage et à la destruction incendiaire. À Napierville plus d'une vingtaine de maisons furent pillées et incendiées.
Lors de ces événements certains Loyaux et de nombreux Patriotes avaient subi des pertes matérielles importantes à cause du pillage, du vol et de l'incendie de leurs propriétés. Après plusieurs demandes d'indemnités, dont peu furent acceptées, Louis-Hippolyte Lafontaine, chef de l'Opposition au Parlement du Canada-Uni, protestait contre l'injustice et les excès commis pour la répression des troubles de 1837 et 1838. Après avoir pris le pouvoir comme premier ministre en 1848, Lafontaine fait voter une loi en 1849 pour indemniser tous les citoyens lésés en 1837-1838 sans distinction entre les «Loyaux et les Déloyaux».
Cent cinquante ans après les événements de 1837-1838, un groupe de citoyens décidait de souligner à Napierville le 150e anniversaire des Patriotes. Un monument commémoratif installé à l'ancien parc Louis-Cyr, devenu la «Pointe des Patriotes», fut dévoilé le 5 novembre 1988.
Avant l'introduction du régime municipal en 1840, les localités n'avaient pas de maires, pas de corporations, pas de police rurale. C'est à la suite de la rébellion de 1837-1838 dans le Bas-Canada et après l'analyse des causes de ce soulèvement populaire faite par Lord Durham que des municipalités sont créées. Prenant en considération les recommandations du rapport Durham qui préconise l'introduction de municipalités au pays, Lord Sydenham, gouverneur général du Canada, fait passer au Conseil spécial du 29 décembre 1840 deux ordonnances qui dotent le Bas-Canada (Québec) d'institutions municipales. Conformément à la deuxième ordonnance, vingt-deux districts municipaux sont créés en 1841. Cette organisation de districts municipaux fut toutefois remplacée dès 1845 par des municipalités locales tout en maintenant les municipalités de comté. Le village de Napierville est constitué en municipalité le 21 février 1855 et fait partie du comté d'Huntingdon. Entre 1855 et 1994 vingt-quatre maires et administrations se sont succédé pour assurer la gestion de la municipalité.
Plusieurs ouvrages relatant l'histoire de cette région pourront s'avérer utiles pour les personnes désirant plus d'informations, comme par exemple :
